Durch die Einrichtung einer im föderalen System „übergeordneten“ Bundes-Ethik-Kommission „über“ bislang 33 in Deutschland registrierten Ethik-Kommissionen für die Bewertung von klinischen Studien und 48 Ethik-Kommissionen für die Bewertung von Studien mit Medizinprodukten würden mindestens 81 neue Schnittstellen gebildet, die bis auf Weiteres die Abläufe verkomplizieren und damit potenziell eher verlangsamen würden. Zu befürchten ist auch ein Kompetenzgerangel über die Abgrenzung der künftigen Aufgabenzuteilung, das zu langwierigen Reibungsverlusten führen könnte und letztlich das Ziel der Entbürokratisierung und Beschleunigung konterkarieren würde.
Der Marburger Bund lehnt auch die geplante Unterstellung der Bundes-Ethik-Kommission unter das Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte (BfArM) und die Ernennung ihrer Mitglieder durch das Bundesgesundheitsministerium ab, weil dadurch die notwendige Unabhängigkeit von Ethik-Kommissionen untergraben würde.